A história passa-se um ano depois de Kingdom Hearts: Chain of Memories, onde Sora e seus amigos, atraídos por um homem de capuz entram em um castelo chamado Castle Oblivion onde perdem gradualmente sua memória devido ao misterioso poder de uma nobody chamada Naminé. No final do jogo, Sora encontra Naminé, que se revela a Nobody de Kairi, que o coloca a dormir profundamente durante um ano de modo a recuperar as suas antigas memórias.
Entretanto, um rapaz chamado Roxas é derrotado por Riku, o melhor amigo de Sora, e por DiZ (Ansem The Wise) que o colocam numa simulação da cidade Twilight Town onde o fazem acreditar que sempre lá viveu e que é amigo de três adolescentes: Hayner, Pence e Olette. A situação complica-se quando Roxas começa a ser perseguido por criaturas brancas e por um membro da Organização XIII chamado Axel , o ex-melhor amigo dele. Roxas começa a estranhar os sonhos que tem sobre Sora e os seus amigos e acaba por perceber, através de Naminé e de DiZ, de que é o Nobody de Sora e membro número 13 da Organização XIII. Roxas fora colocado na cidade virtual para que pudesse virar dados de computador e se fundir com Sora, de modo a que este pudesse ser completo, o que acaba por fazer.
Sora, Pato Donald e Pateta acabam por acordar na verdadeira Twilight Town onde o rei Mickey e Yen Sid os enviam para uma nova aventura. Desta vez, o seu objetivo é encontrar Riku, derrotar novos inimigos designados de Nobodies (que são o corpo e alma que um indivíduo deixa para trás quando se transforma num Heartless) e descobrir os planos da Organização XIII que os controla. Sora recebe novas roupas com a capacidade de fazê-lo fundir-se com um dos membros da equipe de cada vez por um determinado tempo (conhecido como Forma Drive). Entretanto, Maleficent (Malévola) é ressuscitada pelas recordações das três fadas madrinhas da Bela Adormecida e junta-se a Pete (Bafo) na sua busca por poder e domínio.
A cada mundo, novas descobertas são feitas, e a cada nova descoberta, a real intenção da Organização XIII é revelada.
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Contudo existem vários mundos e áreas:
-Twilight Town - Cidade de onde vem Roxas, Seifer, Setzer e outros
-Hollow Bastion - Squall, Aerith, Cid, Cloud e Yuffie vivem lá
-The World That Never Was - O Mundo Final onde vive a Organization XIII
-Disney Castle - Mickey, Donald, Goffy, Deisy, e Minie estão lá
-Beast's Castle - O castelo onde vive The Beast e Belle
-Olympus Coliseum - Hercules, hades e Auron
-The Land of Dragons - Cidade de Mulan
-Timeless River - O mundo Antigo the Mickey Mouse
-Port Royal - O Mundo dos Piratas onde Jack Sparrow aparece!
-Agrabah - Aladin e outros
-Halloween Town - A Cidade do Terror onde Jack Squelinton entra
-Pride Land - Lion King e Simba
-Space Paranoids - O Mundo da Computação Avançada e Tron é o Anti-Virus
-100 Acre Wood - Um mundo mais infantil com Winnie the Pooh
-Atlantica - O mundo debaixo de água, Ariel a Sereia vive lá

No entanto, alguns mundos foram retirados. Hollow Bastion mudou muito, e tornou-se praticamente o mundo principal, empatado com The World That Never Was e Twilight Town, já citado. Hollow Bastion depois de completado, torna-se Radiant Garden.
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Review feito por: André Vieira