1 ou 2 jogadores humanos competem com o computador num total de 8 corredores em uma série de 4 pistas por copa. O jogador escolhe uma das 4 copas no início do jogo, assim como a dificuldade, medida pelo tamanho do motor (50, 100 ou 150cc). Quanto maior o motor, mais rápido os karts serão, e mais difícil a copa se tornará. O jogador precisa tirar no mínimo o quarto lugar para prosseguir para a próxima pista. O modo Extra (onde as pistas são ao contrário do normal) pode ser habilitado vencendo todas as 4 copas na dificuldade 150cc. A premiação é feita em frente do castelo da Peach (acessível neste jogo a partir da pista Royal Raceway). Os vencedores sobem no pódio e, como em Super Mario Kart, recebem a taça de um balão de peixe . Modo para um jogador. O jogador pode jogar em qualquer pista de qualquer copa. No time trial, o jogador começa com um cogumelo triplo, e o kart tem o motor de 100cc. Os 5 melhores recordes e a melhor volta de cada pista ficam salvos no cartucho, incentivando o jogador a bater seus próprios recordes. Completar uma corrida pode resultar no aparecimento de um ghost na próxima tentativa do jogador - o fantasma segue a mesma rota pega pelo melhor tempo que o jogador conseguiu na sessão atual, e pode ser salvo em um controller pak para usos futuros. O fantasma não poderá aparecer na próxima tentativa se surgir uma mensagem no canto superior direito dizendo que a Ghost data não pode ser salva. Esta mensagem pode aparecer por uma série de motivos: pausar o jogo durante o time trial; cair da pista, necessitando que o Latiku resgate o kart; bater em um obstáculo (como os Chain Chomps na Rainbow Road).
Existem diversas comunidades on-line dedicadas a registrar os recordes de tempo em cada pista, algumas continuam ativas até hoje, anos depois do lançamento original do jogo.